Dinas Pemberdayaan Perempuan Perlindungan Anak dan Keluarga Berencana dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Lombok Timur Nomor 06 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Lombok Timur dan Peraturan Bupati Lombok Timur Nomor 46 Tahun 2016 tenatng Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Keluarga Berencana. Susunan organisasi perangkat daerah Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Keluarga Berencana Kabupaten Lombok Timur dipimpin oleh seorang Kepala Dinas dengan membawahi:
A. Sekretaris/Sekretariat, terdiri atas:
1. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
2. Sub Bagian Keuangan; dan
3. Sub Bagian Program dan Pelaporan
B. Bidang Pengendalian Penduduk,terdiri atas:
1. Seksi Pengaduan dan Sinkronisasi Kebijakan Pengendalian
Penduduk;
2. Seksi Pemetaan Perkiraan Pengendalian Penduduk; dan
3. Seksi Data dan Informasi.
C. Bidang Keluarga Berencana, Ketahanan dan Kesejahteraan
Keluarga,terdiri atas:
1. Seksi Jaminan Pelayanan Keluarga Berencana;
2. Seksi Pemberdayaan Keluarga Sejahtera; dan
3. Seksi Bina Ketahanan Keluarga.
D. Bidang Penyuluhan dan Penggerakan, terdiri atas:
1. Seksi Penyuluhan dan KIE;
2. Seksi Advokasi dan Penggerakan; dan
3. Seksi Pendayagunaan PKB/PLKB dan IMP.
E. Bidang Pemberdayaan Perempuan, terdiri atas:
1. Seksi Pemberdayaan Perempuan;
2. Seksi Perlindungan Perempuan; dan
3. Seksi Kesetaraan dan Keadilan Gender.
F. Bidang Perlindungan Anak, terdiri atas:
1. Seksi Perlindungan Anak;
2. Seksi Pemenuhan Hak Anak; dan
3. Seksi Perlindungan Anak Berkebutuhan Khusus.
G. UPT; dan
H. Kelompok Jabatan Fungsional.